--- src/Makefile.in.orig	2019-11-19 19:28:55 UTC
+++ src/Makefile.in
@@ -27,6 +27,7 @@ CC             = @CC@
 CFLAGS         = @CFLAGS@
 PTHREAD_CFLAGS = @PTHREAD_CFLAGS@ 
 PIC_CFLAGS     = @PIC_CFLAGS@
+SIMD_CFLAGS    = @SSE_CFLAGS@ @VMX_CFLAGS@
 CPPFLAGS       = @CPPFLAGS@
 LDFLAGS        = @LDFLAGS@
 DEFS           = @DEFS@
@@ -200,7 +201,7 @@ ${PROGS}: % : %.o libinfernal.a ../${HMM
 	${QUIET_GEN}${CC} ${CFLAGS} ${PTHREAD_CFLAGS} ${PIC_CFLAGS} ${DEFS} ${LDFLAGS} ${MYLIBDIRS} -o $@ $@.o ${MPILIBS} ${LIBS}
 
 .c.o:
-	${QUIET_CC}${CC} ${CFLAGS} ${PTHREAD_CFLAGS} ${PIC_CFLAGS} ${DEFS} ${CPPFLAGS} ${MYINCDIRS} -o $@ -c $<
+	${QUIET_CC}${CC} ${CFLAGS} ${PTHREAD_CFLAGS} ${PIC_CFLAGS} ${SIMD_CFLAGS} ${DEFS} ${CPPFLAGS} ${MYINCDIRS} -o $@ -c $<
 
 ${ITESTS}: % : %.o libinfernal.a ../${HMMERDIR}/src/libhmmer.a ../${ESLDIR}/libeasel.a ${HDRS} config.h
 	${QUIET_GEN}${CC} ${CFLAGS} ${PTHREAD_CFLAGS} ${PIC_CFLAGS} ${DEFS} ${LDFLAGS} ${MYLIBDIRS} -o $@ $@.o ${MPILIBS} ${LIBS}